私のところは、20人くらいの小さな会社だけれど、どうも管理責任者の目から見るとISO9001:2000の定着がよくないんです。
例えば、設計者が妥当性確認のために図面に捺印するくらいたいしたことがないんですが、それをしないんです。

その捺印の重要性の意味が設計者に理解されていないのではないですか。
それとも、システムの運用面で無理があるかですね。

しかし、システムは簡単なはずです。何故なら設計課長と話して決めているからです。どうも、設計課長のリーダーシップが問題なような気がします。

今、捺印の例が出ましたが、どの顧客の図面で、設計の誰がどういう意味の捺印をしていなかったという話になっていませんね。
そういう具体的な話をしないと、問題が抽象化して、解決の具体的な手がかりがつかめないのではないですか。

いや、うちはいろいろな設計をしていますからね。

設計者は何名ですか？

課長を入れて6名です。
同じ部屋で個人別にパーティションで囲まれています。

そうすると設計課長が誰が今、何をやっているかは、さっと歩けば、すぐにわかりますね。分からなかったなら、「今、どの顧客のものだね。」と聞けばいいのではないのですか？
マネジメントと大げさに言いますが、原点は、リーダーと部下の仕事の会話ですね。
ましてや、リーダーが実務を持っていると、つい、没頭しやすいですからね。

そうですね。課長がトイレいくときに部屋を横切るから、そのときに、声をかければいいですね。

部下の仕事が気になって仕方がないというのがマネジメントの原点だと思います。
書類の危険性は、書類の形式的な報告でマネジメント側がよく見ないですましてしまうことですね（このHPの品質・環境に関する社会問題の「流れるプール事故とマニュアル主義：H18年8月3週号」参照）。
口頭でコミュニケーションがあれば、報告書類提出されたとき、中味も理解できます。書類も生きます。
決めたルールが徹底していないときは、その場ですぐに具体的に話し合いもできます。