「私のコメント」
おかしいですね。自治体の検査員でないのですし、審査員はマネジメントシステムを見に来ているのですからね。
こういう審査をすると、もし、汚染を外部に流していたら、認証した審査機関も検査ミスをしたとして共同責任で訴えられますね。
以前、荏原製作所藤沢工場のダイオキシンの工場外河川に垂れ流し問題（このHPのISO14001規格コーナーの「環境不祥事とISO14001認証辞退の不思議：H17年11月5週号」参照）で、ダイオキシンの排出パイプを通常の工場の雨水の排水パイプに接続間違いをしたミスが原因だったとのこと。当時、インターネットで審査機関のＳＧＳがなんでその接続ミスをチェックしなかったのかという批判的なコメントが載りましたが、これは審査機関はそういうハード面の検査まで責任がないとして誤解が解けたことがありました。
これはISO9001:2000でも同じことがあって、審査員がたまたま、製品の錆を不適合として指摘した例がありました（このＨＰの審査／コンサル経験談の２．審査現場での問題事例コーナーの「産経新聞の『審査トラブル続出』記事のコメント：H16年3月2週号」参照）。
ISO9001:2000は製品の品質を個別に審査するものではありません。これはJISマークの審査では製品の試験までやって、合格すると個別製品にマークをつけることができます。しかし、ご承知のようにISO9001:2000はマネジメントシステムの審査なので製品にISO9001:2000認可マークはつけられないことでも明らかです。
病院の認証を避ける審査機関は、認証した病院が医療ミスで訴えられたときに同罪だと誤解されることを恐れているのでしょうか。
この基本的な誤解は、審査員にISO9001:2000もISO14001:2004もマネジメントシステムの監査であって、現場のコアシステムの監査でないという基本的な理解が欠如していることです。

「M氏の質問」
もし、法令を守っていないことがISO14001:2004の審査で分かったときは、どういう不適合となりますか。

「私のコメント」
特定した環境側面に対応した法令を特定モレであったときは、４．３．２の不適合となるでしょう。特定していた法令を守っていないとなると、４．５．１か４．５．２の問題となるでしょう。
ISO9001:2000では、不良品をたまたま審査員が発見したときは基本的に観察事項になるでしょう。